سرطان ریه شایع­ ترین عامل مرگ­ و میر ناشی از سرطان در سطح جهان است و محاسبه شده حدود ۱,۴ میلیون مرگ در هر سال با این سرطان مرتبط است. سرطان ریه پنجمین سرطان شایع در ایران، با نرخ شیوع ۲/۹-۷/۴ در هر ۱۰۰ هزار نفر است. با وجود شیوع کم، بقا آن نیز محدود است. کشف نشانگرهای بیولوژیکی و کاربرد آنها در رابطه با تشخیص سرطان می­تواند منجر به تشخیص زودهنگام و در نتیجه افزایش میزان بقا بیماران شود. در این مطالعه، امکان استفاده از چندشکلی تک نوکلئوتیدی (single nucleotide polymorphism, SNP) rs۱۱۶۱۴۹۱۳ درmiRNA-۱۹۶a۲ به عنوان بیومارکر زیستی در تشخیص زودهنگام سرطان ریه سلول­ های غیرکوچک (non-small cell lung cancer, NSCLC) تحت بررسی قرار گرفت. در این مطالعه ۹۵ فرد مبتلا به NSCLC و ۱۰۰ فرد سالم (شاهد) در جمعیت جنوب ایران بررسی شدند. پلی­مورفیسم rs۱۱۶۱۴۹۱۳  بواسطه تکنیک RFLP- PCR تعیین شد. ابتدا ژنوم با یک جفت پرایمر اختصاصی تکثیر و سپس با آنزیم TaaI هضم شدند. در صورت حضور باز T در جایگاه پلی­مورفیسم، دو باند به اندازه­ های bp۱۸۷ و bp۱۹۶ و در حصورت حضور باز C تنها یک باند bp۳۸۳ مشاهده شد. با بررسی الگوی الکتروفورزی هضم آنزیمی، فراوانی الل C در جایگاه پلی­مورف rs۱۱۶۱۴۹۱۳  SNP در ژن miR-۱۹۶a۲ را در گروه بیماران ۶۹۵/۰ و در گروه کنترل برابر با ۷۶/۰ برآورد شد. بنابراین فراوانی ژنوتیپی  TC,TT وCC  در گروه بیمار به ترتیب ۰۷۴/۰ ، ۴۶۳/۰ و ۴۶۳/۰ و در گروه کنترل به ترتیب ۰۶/۰ ، ۳۶/۰ و ۵۸/۰ بود. تجزیه و تحلیل آماری وجود تعادل هاردی-واینبرگ را در دو الل این ژن در جمعیت تحت مطالعه تأیید می­نماید (χ۲=۰.۰۲ و p>۰.۰۵). براساس نتایج این مطالعه، ارتباط معنی­داری بین rs۱۱۶۱۴۹۱۳  SNP و استعداد ابتلا به NSCLC در کل جمعیت وجود ندارد لکن بررسی جمعیت تحت مطالعه برحسب جنسیت، نشان داد افراد مذکر با ژنوتیپ CC در مقایسه با CT+TT، دارای استعداد بیشتری برای ابتلا به سرطان NSCLC هستند.

استرپتوکیناز یکی از شناخته ­شده ­ترین عوامل ترومبولیتیک با مصرف بالینی گسترده است. با وجود این، کاربرد آن به­ دلیل ایمونوژن بودن، ایجاد عوارض هموراژیک و نیمۀ­عمر نسبتاً کوتاه، همراه با خطرهایی است. پگیلاسیون اختصاصی بر روی اسیدآمینۀ سیستئین، تکنیکی مفید جهت کاهش بسیاری از این عوارض است. هدف از مطالعۀ حاضر، طراحی و تولید مولکول استرپتوکیناز جهش ­یافتۀ حاوی سیستئین است که برای پگیلاسیون اختصاصی قابل­ استفاده باشد. اسیدگلوتامیک ۲۶۳ استرپتوکیناز، که یک اسیدآمینۀ سطحی در ساختار پروتئین استرپتوکیناز است، برای انجام جهش و تعویض با سیستئین انتخاب­شد. برای نیل به این هدف، با به­ کارگیری روش SOEing PCR، جهش بر روی کدون GLU۲۶۳ ژن استرپتوکیناز برای تبدیل به کدون سیستئین انجام شد. سپس، ژن استرپتوکیناز دست ­نخورده و جهش­ یافته در وکتور بیانی pET-۲۶b (+) وارد شدند. ساختارهای حاصل درون اشریشیا کلی Rosetta (DE۳) ترنسفرم شده و توسط القا با IPTG بیان شدند. درنهایت، تولید پروتئین­ ها به­ وسیلۀ آزمون­ های   SDS-PAGE و وسترن بلاتینگ تأیید شد. پروتئین­ ها به­ وسیلۀ افینیتی کروماتوگرافی با ستون Ni-NTA agarose در شرایط دناتوره با اوره تخلیص شدند و برای حذف اوره و تاخوردگی مجدد پروتئین­ ها از فیلتراسیون ژلی با سفادکس  G-۲۵استفاده شد. نتایج این مطالعه نشان داد که با استفاده از وکتور و میزبان مذکور ژن جهش­ یافتۀ حاوی کدون سیستئین به­ خوبی بیان می ­شود و برای پگیلاسیون اختصاصی مناسب خواهد بود.

چکیده. کمرکولی جنگلی در ناحیۀ اوراسیا با حدود ۱۸ زیرگونه از گسترش وسیعی در جنگل­ های کهنسال خزان­کنندۀ پهن ­برگ برخوردار است. جمعیت مقیم این پرنده در جنگل­ های پهن‌برگ بلوط در رشته کوه زاگرس به عنوان S.e.persica معرفی شده است. هدف از این مطالعه بررسی ساختار ژنتیکی و روابط تکاملی زیرگونۀ کمرکولی جنگلی رشته کوه زاگرس در مقایسه با کلادهای اروپایی (European)، آسیایی (Asian) و قفقازی (Caucasian) است. برای این منظور تعداد ۱۰ فرد از دو ناحیه زاگرس شمالی در استان کرمانشاه و زاگرس جنوبی در استان کهگیلویه و بویراحمد با مجوز از سازمان حفاظت محیط زیست زنده­گیری و نمونه­ های خون آنها برداشت شد. مطالعات ژنتیکی با استفاده از ۱۳۶ توالی کامل ژن ND۲ (۱۰۴۱جفت باز) مستخرج از بانک ژن و ۱۰ توالی از رشته کوه زاگرس تحت بررسی قرار گرفت. تحلیل­های تبارشناسی با استفاده از مدل TRN +G و رسم درخت بیزین و حداکثر درست نمایی انجام گرفت. همچنین روابط بین هاپلوتایپ‌ها با استفاده الگوریتم‌های اتصال میانه و پارسیمونی تحت بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که از ۱۰ نمونۀ توالی یابی شده، چهار هاپلوتایپ منحصر به فرد حاصل شد. همچنین تحلیل‌های تبارشناسی حاکی از آن بود که جمعیت‌های زاگرس از تبار قفقازی تفکیک‌پذیر است. همچنین از ۱۰ نمونۀ توالی یابی شده، چهار هاپلوتایپ منحصر به فرد حاصل شد. نتایج آمارۀ F_ST حاصل از تحلیل واریانس مولکولی (AMOVA) تغییرات معنی‌دار ساختار ژنتیکی را در بین جمعیت‌های مختلف کمرکولی جنگلی را نشان داد. آمارۀ F_CT نیز حاکی از بروز تغییرات ژنتیکی قابل توجه در بین جمعیت‌های مختلف تبارهای آسیا، اروپا، قفقاز و زاگرس بود. در نهایت جمعیت‌های مختلف کمرکولی جنگلی در اوراسیا را می‌توان به سه گونۀ تکامل نژادی تقسیم نمود و زیرگونه‌ها‌ی S.e.persica و S.e.caucasian را بعنوان دو گونۀ تکامل نژادی مشترک در نظر گرفت.

کوتين پليمري است که از تراکم و اکسيدشدن اسيدهاي چرب در گياهان به ­وجود آمده و نقش کليدي در حفاظت از گياهان در برابر عوامل بيماري­زا ايفا مي­ کند. کوتيناز يک آنزيم هيدرولازي است که کوتين را تجزيه می­ کند. هدف اين پژوهش استخراج کوتين سیب قرمز،  بررسی فعالیت باکتری­ های توليد­کنندۀ آنزيم کوتيناز در محیط LB و تحلیل­ های بیوانفورماتیکی است. بدين منظور، از پوست ميوه­ سیب قرمز و به کمک بافر اگزالات، کوتين جداسازی شد. سپس سویه­ های توليدکنندۀ آنزيم که قبلاً جداسازي شده ­اند، در داخل پليت­ هاي حاوي محيط کشت کوتين تلقيح داده شدند. پس از کشت اولیه، باکتری ها را در محیط LB کشت داده و به کمک سوبستراي اختصاصي پارانيتروفنول بوتيرات فعاليت کوتينازي نمونه­ ها سنجيده شد. به منظور انجام تحلیل­ های بیوانفورماتیکی، توالی جداسازی­ شده شش نمونۀ باکتریایی تولیدکنندۀ آنزیم کوتیناز در پایگاه ­های محاسباتی تحلیل شد و درخت فیلوژنتیکی هر توالی تهیه شد. سپس، توالی آنزیمی نمونه­ های تولیدکنندۀ کوتیناز بررسی و با رسم درخت فیلوژنتیکی میزان شباهت این توالی­ ها تحلیل شد. نتایج نشان داد که کوتینازهای پروکاریوتی از یوکاریوتی جدا شده ­اند. در ادامه، توالی ناحیه ۱۶S rDNA این نمونه­ها به همراه توالی نمونه­های­ جدید، ارزیابی شده و روابط فیلوژنتیکی این گونه­ها تعیین شد. این تحلیل نشان  داد که توالی جدید در کنار نمونه ­های باکتریایی قرار می ­گیرد؛ بنابراین، احتمالاً آنزیم کوتیناز نمونه ­های شناسایی ­شده، از نظر ساختار و کارکرد با آنزیم کوتیناز این باکتری ها، ممکن است شباهت زیادی داشته باشد.

 
 

رشد گیاهان به شدت تحت تأثیر تنش‌های محیطی چون خشکی، شوری زیاد، درجه حرارت کم یا زیاد قرار می‌گیرد و بر این اساس شناسایی ژن‌هایی که در انطباق یا تحمل تنش نقش دارند و به‌خصوص ژنهای تنظیم‌گر، بسیار ضروری است. پروتئین‌های MYB یک خانواده بزرگ از عوامل رونویسی هستند که از اهمیت خاصی در تنظیم فرایندهای نموی و پاسخ‌های دفاعی در گیاهان برخوردارند. مشخصه اصلی اعضای این خانواده، وجود یک دامین اتصال به DNA (دامین MYB) است که از لحاظ ساختاری حفاظت شده است. از این‌رو آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در بررسی اثر سطوح مختلف تنش خشکی بر میزان بیان نسبی ژن فاکتور رونویسی TaMYB۷۳ با استفاده از روشReal Time PCR  انجام شد. تیمارهای آزمایش شامل ژنوتیپ‌های گندم دوروم (شبرنگ، بهرنگ، کرخه، آریا و دنا) و سطوح خشکی در خاک (۵، ۱۰، ۱۵، ۲۰ و ۲۵ درصد ظرفیت زراعی) بود. کشت ژنوتیپ‌ها در گلدان و تنش خشکی در مرحله گیاهچه‌ای (چهار تا پنج برگی) پس از ۴۵ روز اعمال شد. تجزيه و تحلیل داده‌ها با استفاده از فرمول^{CT ΔΔ-} ۲ Ratio= و نرم افزار  SAS نسخه ۱/۹ انجام شد. نتایج تجزیه واریانس دو طرفه، اثر ژنوتیپ، تنش خشکی و اثرات متقابل تنش در خشکی را برای بیان نسبی ژن TaMYB۷۳ و میزان تنظیم‌کننده‌های اسمزی (پرولین و کربوهیدرات) در سطوح تنش (۲۰، ۱۵ و ۵ درصد ظرفیت زراعی) نسبت به سطح نرمال (۲۵ درصد ظرفیت زراعی) در سطح احتمال ۱ درصد معنی‌دار نشان داد. با افزایش سطوح تنش خشکی به ترتیب از ۵ تا ۲۰ درصد ظرفیت زراعی نسبت به سطح نرمال (۲۵ درصد ظرفیت زراعی)، میزان بیان نسبی ژن TaMYB۷۳ و تنظیم‌کننده‌های اسمزی پرولین و کربوهیدرات در ژنوتیپ‌های بهرنگ، کرخه و دنا نسبت افزایش بیشتری نشان داد. با توجه به نتایج این مطالعه، در بین ۵ ژنوتیپ مورد بررسی گندم دوروم، به نظر می­ رسد که ژنوتیپ‌های بهرنگ، کرخه و دنا مقاومت بیشتری نسبت به تنش خشکی نشان دادند.